Sau khi lên ngôi, Mạc Thái Tổ chỉ làm vua 3 năm rồi nhường ngôi cho con trưởng là Mạc Thái Tông (Mạc Đăng Doanh), còn mình về quê hương Cổ Trai làm Thái thượng hoàng và cho xây dựng kinh đô thứ hai là Dương Kinh. Trong nhiều đợt khảo cổ gần đây, tại khu vực thôn Cổ Trai xuất lộ những di vật thời Mạc như thành lũy, hệ thống hào nước, gốm sứ hoa màu lam, đồ sành, đồ đá, đất nung với những nét hoa văn mang phong cách nghệ thuật điển hình của thế kỷ XVI. Ở đây, tại chùa Phúc Linh vẫn còn lại những thành bậc đá kích thước lớn, trang trí cầu kỳ, bố cục tương tự các thành bậc ở điện Lam Kinh và Kính Thiên thời Lê sơ. Điêu khắc đá thời Mạc tại Dương Kinh có nhiều đề tài chưa từng được thấy tại các nơi khác như tượng Nghê đồng, Quan Âm tọa sơn, Quan Âm Nam Hải, Quan Âm nghìn tay nghìn mắt và bộ tượng Tam Thế.

Theo sử sách, nhằm thực hiện chính sách cải cách kinh tế nông nghiệp, mở mang công thương nghiệp, sản xuất hàng hóa, xây dựng nền kinh tế hướng ra biển, ngoài kinh thành Thăng Long, Mạc Thái Tổ còn tạo dựng sự sầm uất ở Cổ Trai quê hương ông và Dương Kinh, kinh đô thứ hai có vị thế gần biển, sông với nhiều ngả nối liền phố Hiến, Thăng Long. Để Dương Kinh trở thành đô thị ven biển xứ Đông, Nhà Mạc cho xây dựng một số thương cảng trên bến dưới thuyền làm nơi giao lưu hàng hóa trong và ngoài nước, từng bước đưa Dương Kinh xưa trở thành đô thị đầu tiên của Hải Phòng, đô thị ven biển đầu tiên của người Việt. GS Trần Quốc Vượng và một số nhà nghiên cứu từng nhận định rằng, cho tới trước thế kỷ XVII, tầm nhìn hướng biển mang tính kinh tế của Nhà Mạc (hay cụ thể là của người đã sáng lập ra triều Mạc, tức Mạc Đăng Dung và những vua kế nghiệp ông) là vừa có tầm xa và rộng hơn nhiều so với tất cả các triều đại phong kiến Việt Nam đã tồn tại trước đó.